水既是最重要的经济资源，也是生态环境最活跃的控制性要素，落实最严格水资源管理制度，全面推进水生态文明建设是水资源自然资产审计的重要内容和主要突破口。在水资源审计中应当突破传统的财务收支审计模式，对审计内容进行筛选和整合，既全面跟进又重点突出。
一、环境政策法规的审计
开展水资源审计时，应注重对国家以及省市地方政府的环境法规体系的完善性、有效性以及执行环保政策及其所产生的效益进行科学、合理、独立的评价。具体来说，包括审查环境政策法规的具体规定，审查执行环境政策法规措施的手段和目标是否合理可行等。通过加强环境政策法规相关情况的审计，使当地的环境政策更具规范性、科学性和可操作性，并推出关于规范水资源审计行为的指导文件，增强社会整体的环保意识。
二、水资源管理体制审计
水资源兼具“公益性”和“商品性”双重属性，其开发、利用和治理涉及多个利益主体，水资源管理中存在诸多的问题。地下水开采和江、河、湖、库等水属于水务局管理，居民生活用水属于自来水公司，污水处理厂和污水管网属于住建局管理，污水治理又属于环保局管理。水资源治理属于多头治理，彼此之间没能形成有效的合力。通过水资源审计，可以促进地方政府理顺水资源的管理体制，促进水资源的利用和环保治理。
三、供水情况审计
供水是水资源审计的一项重要内容。它关系到当前和未来供水水质和数量是否有保障，用水比例结构是否符合可持续发展的要求。具体来又可以分为：第一，水资源供需量分析。水资源可持续发展的首要条件是量的保证。审计人员从短期和长期两个角度，根据层层深入的原则，分别分析了水资源总量和自来水的供需情况。第二，供水比例结构变动情况分析。不同性质的用户，水资源的用途、用量不同，分析供水比例结构及其变动情况，有助于预测未来需求量的变化趋势。便于政府制定分质供水政策，促进了水资源的合理配置。
四、水资源保护情况审计
（一）污水处理厂。污水处理厂是污水治理的关键环节，重点查看污水处理厂的开工率、处理技术、污水处理能力能否满足实际需求以及再生水的利用情况等问题。
（二）污水管网。污水管网重点看配套是否完善、及时，雨污是否分流。一般来说城市新区的污水管网规划建设较好，审计人员还要关注当地对老城区污水管网的改造情况。
（三）实地监测。严格按照环境监测的方法,对拟进行审计区域进行实地监测 。由审计人员按照排污风险大小，选择检测点，由当地环保技术人员配合，对检测点的水质情况进行检测，获取当地水质的第一手资料。
五、饮用水安全审计
饮水安全是涉及人民生命健康安全和社会安定的重大问题，饮用水安全审计主要通过重点审查中央和地方对当地饮水安全工程的投资以及配套资金的投入和运用情况，了解当地在饮水安全工作方面应用的相关措施和办法，评价其取得的成效和经验，更重要的是披露出在工作管理以及制度和机制各方面存在的问题，并在实践中不断解决问题。
六、社会关注点的审计
民众对水资源情况的关注度高，水资源审计应当关注实际的社会问题，增强审计的透明度和公信力。如12345市民热线就是一个很好的平台，民众通过市民热线反映了许多身边的涉水问题，审计人员可以收集市民热线反映集中的涉水问题，进行逆向调查，追溯问题产生的根源。这样既有针对性又解决了民众关注的问题。此外还可以在当地的政府网站设立水资源审计投诉邮箱，收集社会各方面的意见。
